Более всего лингвистика продвинулась в фонологии. Имеется универсальная теория дифференциальных признаков (см. статью «Структура языка и языковые союзы. Николай Сергеевич Трубецкой»), позволяющая единообразно описывать системы фонем любых языков. Но это не значит, что в фонологии все проблемы уже решены. Стало ясно, что нельзя ограничиться лишь изучением звуковых противопоставлений, различающих смысл. Речь иностранца может быть вполне понятной, но воспринимается как неестественная из-за каких-то других, «не тех» признаков. Система фонем у жителей соседних деревень может быть одинаковой, но выговор друг друга они ощущают как чужой. Анализ такого рода явлений лишь начинается. Мало изучены ударение, интонация, тон; здесь даже в хорошо известных языках делаются неожиданные открытия.
Очень хотелось бы иметь универсальную систему, которая позволила бы описывать морфологические системы языков. Такой системой могла бы стать универсальная система грамматических категорий. В неё должны войти и привычные нам категории (падеж, число, время), и более «экзотические», выражающие, например, такие грамматические значения- совершается ли данное действие в первый раз или нет, вежливость или невежливость по отношению к собеседнику. Главная трудность заключается даже не в том, что отсутствуют описания многих языков, а в том, что недостаточно изучено само понятие грамматического значения Часго, описывая какой-нибудь «экзотический» язык, исследователь видит: перед ним несомненно грамматическая форма, но неясно, что она значит.
Попытки втиснуть всё в рамки привычных категорий приводят к неверным выводам. В японском языке одну из грамматических форм долго описывали как форму совершенного вида, как в русском. На самом деле она означает, что данное действие совершают как подготовительное для какого-то другого, более важного. Например, фраза Он отчеркнул текст красным карандашом с глаголом отчеркнуть в этой форме значит, что он это сделал не для того, чтобы, допустим, поупражняться в пользовании карандашом, а для того, чтобы потом прочесть отчёркнутое ученикам. Если подобная грамматическая категория существует хотя бы в одном языке, значит, её нужно ввести в лингвистическую теорию, предусмотреть при составлении каталога грамматических категорий в языках мира.
Для этих целей очень важны недавно появившиеся исследования грамматики не от формы к смыслу, как обычно, а от смысла к форме (такие исследования иногда называют функциональными грамматиками). Описывая язык, обычно сначала выделяют по формальным признакам грамматические формы, а потом выясняют, что они значат. Но бывает полезно действовать наоборот: основываясь на уже изученных языках, выделяют возможные значения (временные, видовые и т. д.), а затем выясняют, как они в том или ином языке передаются. При этом отмечаются не только грамматические, но и лексические способы выражения таких значений (например, значение прошедшего времени в русском языке выражается не только глагольными формами, но и такими словами, как вчера). Исследования по функциональным грамматикам лишь начинаются. Ещё больше «тёмных мест» в синтаксисе. Например, лишь недавно стало ясно, что привычный строй предложения не универсален. В русском языке в предложениях Петя спит и Петя бьёт Васю слово Петя оформлено одинаково, хотя в одном случае он совершает активное действие (бьёт), а в другом — неактивное (спит). Однако во многих языках мира тот, кго совершает неактивное действие (спит), будет оформлен так же, как и пассивный участник события (Вася). Получается что-то вроде Петю спит. А есть языки, где активный деятель, неактивный деятель и пассивный участник события будут оформлены по-разному. Получается, что для многих языков нормальны предложения, в которых есть производитель действия, но нет подлежащего в привычном нам понимании.
В области синтаксиса также необходимо выделить универсальную конструкцию предложения и описать её конкретные варианты в языках мира. Однако сделать это ещё сложнее, чем в морфологии.
Ещё меньше сделано в семантике В 1940 г. крупный российсский языковед профессор Михаил Николаевич Петерсон (1885—1962) писал о научном парадоксе: лингвистика изучает экзотические заимствования, звукоподражания, табу, но почти ничего не может сказать о самых простых и понятных словах. До недавнего времени о значениях слов вроде дом, человек, голова, ходить, говорить, даже, кроме учёные почти ничего не могли сказать. Были известны их история, происхождение, но не значение в современном языке. Положение в семантике стало меняться лишь после «хомскианской революции» (хотя сам Ноам Хомский почти не занимался этими вопросами). Стало ясно, что значение многих слов нельзя изучать отвлеченно от целых высказываний, от намерений говорящего. Поэтому формальный подход к значениям слов и тем более предложений мало что даёт. Лишь изучая речь человека, можно должным образом описать значения.