В книге «Язык и мышление» Хомский прямо определяет лингвистику как «особую ветвь психологии познания», вновь выдвигая на первый план долго игнорировавшиеся проблемы. Идеи специалистов по сравнительно-историческому языкознанию XIX в. и структуралистов XX в. названы им «убогой и совершенно неадекватной концепцией языка». Зато он высоко оценил «действительно значительную общую теорию» «Грамматики Hop-Рояля» и работы Вильгельма фон Гумбольдта. В частности, у последнего Хомский особо выделил идею о творческом характере языка, о том, что говорящие «используют бесконечным образом конечные средства». А у авторов «Грамматики Пор-Рояля» он отметил прежде всего представление о единой мыслительной основе всех языков мира. Эту основу Н. Хомский назвал глубинной структурой, противопоставив ей поверхностные структуры, наблюдаемые в конкретных языках. По мнению Хомского, его непосредственные предшественники изучали лишь поверхностные структуры, а проблему глубинных структур игнорировали. Возвращаясь к фразе «Невидимый Бог создал видимый мир» из «Грамматики Пор-Рояля» (см. статью «Чем языки похожи и чем различаются. „Грамматика Пор-Рояля"»), Н. Хомский говорит, что три заключённых в ней суждения, которые выделяли авторы «Грамматики...» («Бог невидимо; «Он создал миро; «Мир видимо), — и есть глубинные мыслительные структуры, которые на поверхностном уровне сливаются в единое предложение.
По Ноаму Хомскому, при порождении высказываний глубинная структура преобразуется в поверхностную посредством некоторых мыслительных операций. Поэтому и грамматика языка должна содержать систему правил перехода от глубинных структур к поверхностным. Глубинные структуры связаны со значением, а поверхностные — со звучанием, и именно в этом смысле «каждый язык может рассматриваться как определённое отношение между звуком и значением».
Реальная система правил, по которым человек превращает значение в звук, пока недоступна прямому наблюдению. В наше время «относительно природы языка, его использования и овладения им могут быть высказаны лишь самые предварительные и приблизительные гипотезы». Но, по мнению Хомского, лишь описание языка, которое предлагает некоторую гипотезу такого рода, можно назвать грамматикой языка. За конкретной грамматикой того или иного языка проступает универсальная грамматика для «языка вообще». На практике между конкретной и универсальной грамматиками нет непроходимой грани.- «...Лингвист всегда занят исследованием как универсальной, так и конкретной грамматики. Когда он строит описательную, конкретную грамматику... он руководствуется, сознательно или нет, определёнными допущениями относительно формы грамматики, и эти допущения принадлежат теории универсальной грамматики. И наоборот, формулирование им принципов универсальной грамматики должно быть обосновано изучением их следствий, когда они применяются в конкретных грамматиках•>. Придумать универсальную грамматику нельзя, но к пей можно подойти, изучая устройство того или
иного языка. Сам Хомский занимался и продолжает заниматься исключительно построением универсальных грамматик, используя в качестве материала прежде всего английский язык Это позволяет критикам его теории указывать, что она слишком ориентирована на особенности этого языка, которые далеко не всегда можно считать действительно универсальными.