В каждой работе, даже посвященной частному вопросу, учёный решал общие теоретические проблемы. Изучая самые разные языки, Евгений Дмитриевич Поливанов прежде всего имел в виду человеческий язык вообще. До него учёные решали фундаментальные вопросы языкознания в основном на ограниченном материале нескольких наиболее известных языков индоевропейской семьи, круг которых со времён «Грамматики Пор-Рояля» не очень расширился. Поливанов стремился построить теорию языка, используя как можно больше материала. Этот подход отразился в его книге «Введение в языкознание для востоковедных вузов» (1928 г.), совместившей в себе учебник и теоретический труд. К сожалению, сохранилась лишь её первая часть — о фонологии; типографский набор второй части, посвященной грамматике, был рассыпан, а сама рукопись пропала.
Е. Д. Поливанов никогда не соглашался ни с ограничением лингвистики проблемами «языка в самом себе и для себя», ни с отказом от исследований истории языка. Он не только активно занимался историей языков, но и пытался решить вопрос, который оказался не под силу языкознанию XIX столетия: почему происходят изменения в языке?
Поливанов вслед за Соссюром (см. статью «Язык и его структура. Фердинанд де Соссюр») отмечал объективное противоречие в развитии языка. С одной стороны, язык должен быть стабилен: «...ибо в противном случае новому поколению грозила бы утрата возможности пользоваться языком как средством коммуникации со старшим поколением». С другой стороны, «...изменения — это неизбежный спутник языковой истории». Обычно этот процесс проходит медленно, и значительные изменения в языке «мыслимы лишь как сумма из многих небольших сдвигов, накопившихся за несколько веков или даже тысячелетий...».
Почему происходят такие сдвиги? Главную причину Евгений Дмитриевич Поливанов определял так- «,День человеческая" или — что то же — стремление к экономии трудовой энергии». В результате слово «изнашивается» в произношении, а младшее поколение «усваивает... уже „изношенный" в звуковом отношении скорого-ворочный дублет слова и само уже начинает сокращать („изнашивать") его далее». В этом легко убедиться: вслушайтесь, как обычно произносится, например, слово здравствуйте. Слово пожалуйста, которое произошло от двух слов — пожалуй, старый, — в современной речи сократилось ещё больше. «Изношенность» может быть очень большой: латинское название месяца августа — aiigustus (семь фонем, если считать одной фонемой дифтонг [ай]) — превратилось во французское aout, в реальном произношении состоящее из одного звука [и], близкого к русскому [у]. Помимо звуковых упрощений происходит упрощение грамматики, нерегулярные формы заменяются регулярными, сокращается число падежей или личных форм глагола, а в некоторых языках исчезают склонение и спряжение.
Однако «лень человеческая» ограничивается потребностями слушающего: при слишком большой экономии речь может стать невнятной и непонятной. Если говорящему выгодно упрощать речь, то слушающему, наоборот, выгодно, когда речь обладает большим количеством различителен Развитие языка — это и есть неустойчивое равновесие между бессознательными потребностями говорящего и слушающего.
Кроме того, на развитие языка могут влиять внешние факторы. Здесь Е. Д. Поливанову приходилось спорить с некоторыми советскими языковедами, которые доказывали прямое влияние экономических и политических причин на изменения в структуре языка. Он указывал, что такое влияние может быть лишь косвенным: по экономическим или политическим причинам возникают или прекращаются контакты между носителями тех или иных языков, распадаются языковые коллективы. По этим же причинам носители одного языка или диалекта могут подражать носителям другого, более престижного.
В спокойные исторические периоды развитие языка целиком эволюциопно и определяется внутренними причинами вроде экономии произносительных усилий. В периоды войн, революций и переселения народов меняется «контингент носителей» языка — вплоть до того, что целый народ может изменить свой язык. При этом всегда сохраняется что-то от прежнего языка, а вновь осваиваемый язык сильно изменяется. Так в языке происходят, по выражению Поливанова, «сдвиги мутационного и революционного характера».
Однако мутации языка (термин был взят Е. Д. Поливановым из генетики для обозначения структурных изменений в языке) происходят и без какого-либо влияния внешних причин. Например, небольшие изменения в произношении звуков, обусловленные «ленью», накапливаются постепенно. Для носителей языка они незаметны. Но система фонем конечна, иными словами, каждый звук осознается говорящим как принадлежащий либо к одной, либо к другой фонеме. Поэтому в какой-то момент непрерывные изменения в произношении могут привести к перестройке системы фонем; количество переходит в качество.
Так, мы можем произносить <е> и широкое (как в английском cat), и узкое, почти как <и>, но только почти, лишь до тех пор, пока мы узнаём в нём <е>, иначе эти две фонемы сольются. Во многих языках так и случилось. Конечно, реально такая перестройка длится годы и десятилетия: например, если две фонемы слились в одну, то одни носители языка, особенно люди старшего поколения, какое-то время ещё
ощущают фонемное различие, а другие, особенно более молодые, — нет. Лишь со сменой поколений скачок заканчивается и система фонем становится другой. Но никаких промежуточных ступеней между старым и новым состоянием, когда звук не принадлежит ни к одной фонеме или относится к двум сразу, быть не может.
На примере фонологии Е. Д. Поливанов изучил общие процессы системных изменений в языке. Могут быть изменения, затрагивающие количество элементов в системе: две фонемы могут сливаться в одну, а одна фонема может расщепляться на две. Оба процесса могут быть связаны между собой и обусловливать друг друга. Так происходил процесс исчезновения редуцированных (кратких) гласных <ъ>, <ь> в истории русского языка. До того как исчезли редуцированные, всякий слог мог заканчиваться только гласным звуком. Именно гласные тогда обеспечивали различение слов: конь — конь. Согласные, конечно, произносились твёрдо перед ъ и более мягко перед ь, но это отличие было несущественным, так как не оно различало слова. Твёрдые и мягкие согласные были вариантами одной фонемы. В одних позициях редуцированные гласные совпали с <о> и <е>, в других — исчезли. В результате появились позиции (например, конец слова), в которых слова могли различаться только твёрдостью/мягкостью согласных: кон — конь. Согласные расщепились на твёрдые и мягкие фонемы. Так исчезновение двух гласных фонем привело к тому, что в русском языке появилось более десятка согласных фонем.
Е. Д. Поливанов стремился создать общую теорию языкового развития, которая объясняла бы, почему те или иные языки развивались именно таким образом. Эту теорию он называл лингвистической историологией. Однако создать её учёный не успел. Нет такой теории и в современной науке о языке.