Другой единицей языка, впервые вьщеленной И. А Бодуэном де Куртенэ, была морф ем а (от греч. «morphe» — «форма»). До него существовали такие термины, как корень и аффикс, но обобщающего понятия для минимальной значимой единицы языка не было. Понятие морфемы учёный также связывал с человеческой психикой: «Морфема —любая часть слова, обладающая самостоятельной психической жизнью и далее неделимая с этой точки зрения». Существование морфем в сознании людей подтверждается речевыми ошибками и обмолвками вроде брыками ногает, вертом хвостит вместо ногами брыкает, хвостом вертит. Понятие морфемы, как и фонемы, прочно вошло в мировую науку о языке.
Одним из первых в мировой пауке И. А. Бодуэн де Куртенэ поставил вопрос о том, что такое слово. Традиционно эта единица была центральной, но она как бы задавалась заранее, принималась как данность. Однако лингвист может так поступать, только изучая родной язык, опираясь на свою интуицию. С языком иного строя невозможно действовать так же: в этом случае чужой язык будет описываться под сильным влиянием родного, что неизбежно приведёт к искажениям. Бодуэн де Куртенэ попытался разобраться в том, каковы реальные свойства этой единицы.
И. А. Бодуэн де Куртенэ писал: «Разве только слова произносятся? Слова являются обыкновенно частями фактически произносимого». Реально произносятся не слова, а высказывания. Высказывания можно членить на части двояко: «с точки зрения фонетической» и «с точки зрения морфологической». Фонетически высказывание делится на «фонетические фразы», фонетическая фраза — на «фонетические слова», фонетическое слово — на слоги и фонемы. Фонетическое слово объединяется общим ударением. Поэтому оно не всегда равно слову: не имеющие собственного ударения предлоги и частицы сливаются в одно фонетическое слово с соседними словами. Морфологически высказывание членится на «сложные синтаксические единицы» (предложения или их части), те в свою очередь — на «простые синтаксические единицы» (члены предложения), из которых выделяются морфемы. Простая синтаксическая единица, минимальный член предложения более или менее соответствуют слову, но не всегда. Высказывание На то щука в море, чтоб карась не дремал делится на «сложные синтаксические единицы» — на то щука в море и чтоб карась не дремал, а «простые синтаксические единицы» И. А. Бодуэн де Куртенэ выделяет так: на то, щука, в море, чтоб карась, не дремал.
Таким образом, оказывается, что слово можно определять по-разному, а различные его свойства требуют выделения разных единиц, которые могут не совпадать друг с другом и с тем, что обычно называют словом. Чтоб в приведённом примере фонетически объединяется с карась, а синтаксически — с не дремал. Слово в традиционном смысле — это прежде всего психическая единица, которая хранится в глубинах сознания человека.
Все перечисленные проблемы И. А. Бодуэн де Куртенэ рассматривал на материале современных языков, не обращаясь к языковой истории. Впервые со времён «Грамматики Пор-Роя-ля» объектом исследования стала языковая
система безотносительно к её развитию во времени. Бодуэн де Куртенэ занимался и вопросами исторического развития языков. Но и здесь его подход был новаторским: учёного интересовало не только, как конкретно изменялся тот или иной звук в каком-либо языке, но и поиск общих закономерностей языковых изменений. Он старался выявить причины таких изменений, указывая, например, что люди бессознательно стремятся к тому, чтобы им было более удобно произносить звуки, а позднее столь же бессознательно забывают и не воспринимают прежнюю структуру слова. Позже этими проблемами занялся его ученик Е. Д. Поливанов (см. статью «Почему языки изменяются? Евгений Дмитриевич Поливанов»).
То, что в своих исторических исследованиях И. А Бодуэн де Куртенэ всегда стремился выявить общее направление развития языков, позволило ему понять одну из важнейших закономерностей в истории русского языка. Изучив памятники письменности, он обнаружил, что многие внешне различные фонологические изменения отражают одну и ту же тенденцию. Роль гласных в различении слов неуклонно ослаблялась, а роль согласных, напротив, усиливалась. Учёный считал, что лингвистика должна уметь не только объяснять факты прошлого, но и предсказывать развитие языков в будущем. Он предположил, что и в дальнейшем эта тенденция сохранится в русском языке. Современный фонолог Михаил Викторович Панов, проверив через столетие прогноз Бодуэ-на де Куртенэ, показал, что учёный был прав: и в XX столетии русская фонология развивалась именно в указанном направлении. Оправдался и ещё один прогноз, относившийся совсем к другой области В опубликованной в 1901 г. статье И. А. Бодуэн де Куртенэ подвёл итог достижениям науки о языке XIX в. и попытался предсказать пути её развития в следующем столетии. И очень многое он предугадал правильно. Действительно, языкознание XX в. обращало наибольшее внимание на «живые языки, доступные для наблюдения»; возросло значение эксперимента; языкознание всё более сближалось с психологией и социологией, психолингвистика и социолингвистика сложились как особые дисциплины. Наконец, как и предсказывал Бодуэн де Куртенэ, лингвистика превратилась в «более точную науку», в которой теперь всё чаще применяется «количественное, математическое мышление».
Однако непосредственной преемницей сравнительно-исторического языкознания XVIII— XIX вв. стала лингвистика не психологическая, а системная, структурная, основателем которой был Фердинанд де Соссюр.