Японская традиция возникла очень поздно и достигла расцвета совсем недавно, в XVIII — середине XIX в. Японская культура в течение долгого времени находилась под большим влиянием китайской. Долгое время это относилось и к изучению языка. Японцы к VII—VIII вв. завершили освоение китайской письменности и применили её к своему языку; вскоре были составлены первые иероглифические словари.
Однако национальная наука о языке появилась в Японии почти на тысячелетие позже. В первой половине XVII в. Япония стала закрытой страной: иностранцев, за редким исключением, не допускали в страну, а японцы не имели права её покидать. Ограничения распространились и на Китай. Именно тогда в противовес традиционной науке китайского типа появилась школа «национальных учёных», по-японски «коку-гакуся». Они изучали исконные, не связанные с Китаем стороны японской культуры. А помимо древней религии — синтоизма — это был только японский язык (китайский и японский языки относятся к разным семьям и по строю не похожи друг на друга). Кокугакуся уже с
XVII  столетия стали изучать древние тексты VIII—X вв., написанные на классическом японском языке — бунго. В отличие от китайского языка японский обладает достаточно сложной морфологией, и описывать его только с помощью словарей неудобно. Поэтому кокугакуся независимо от каких-либо образцов сами создали грамматику. Первые сочинения по грамматике бунго появились во второй половине
XVIII  в., а наиболее подробные и разработанные сочинения — в первой половине XIX в. К середине XIX в. японская традиция не успела исследовать весь язык, например, ещё не был изучен синтаксис.
В 50-х гг. XIX в. Япония перестала быть закрытой страной и стала с нарастающей скоростью европеизироваться. Если индийская и арабская традиции, уже достигшие совершенства, не могли перенять идеи и методы, идущие с Запада, то японская традиция вобрала европейские и американские лингвистические концепции, не утеряв национальных особенностей. До сих пор японские языковеды сохраняют непривычные для нас представления о звуках и словах.