Бумага дала в руки палеографов мощное средство датировки, какого они не имели при работе с пергаменными рукописями. Это водяные знаки, или ф ил и грани (франц. filigrane от лат. Шит — «нить» и granum — «зерно»). Бумагу изготовляли так: черпали из чана жидкую бумажную массу при помощи прямоугольной проволочной сетки. Вода стекала, но при высыхании проволочная сетка отпечатывалась на бумаге. На просвет на такой бумаге хорошо видны тонкие продольные и жирные поперечные линии. С XIV—XV вв. производители бумаги стали выкладывать на сетке тонкие проволочные фабричные эмблемы в виде головы быка, виноградной ветви, кувшина, вепря (кабана), короны, перчатки, разных букв и др. Непрочные проволочные нити под давлением бумажной массы перемещались, и рисунок искажался. Его поправляли, но оставались отклонения от первоначальных форм. В конце концов знак ветшал, его обновляли, но новый неизбежно отличался от своего прообраза. Используя рукописи, в которых содержатся даты их написания, исследователи создают большие альбомы филигранен, в которых знаки систематизированы по изображениям и расположены в хронологическом порядке.
Представим, что перед нами бумажная рукопись без даты написания. Найдя па сё листах водяной знак, например изображение головы быка с крестом и змеёй, можно отыскать аналогичные знаки в альбоме филигранен и выяснить, что все они представлены в рукописях с датами 1485—1487 гг. Можно предположить, что она на несколько лет старше или моложе этой даты. Но и тогда это неплохой результат по сравнению с датировкой пергаменных рукописей. Анализ водяных знаков помогает и в других случаях: например, когда нужно выяснить, относится ли данный лист ко времени написания всей рукописи или вклеен в неё позднее.
Рассматривая водяные знаки и корешок рукописи, исследователь также должен проверить, какие листы парные, образуют тетради, а какие одинарные. Если они одинарные, это, как правило, указывает на позднейшую переделку рукописи. Кстати, слово тетрадь (от греч. «tetra» — «четыре»; по числу сложенных пополам листов) было заимствовано древнеславян-ским из греческого языка очень давно, скорее всего вместе с первыми рукописями.