В парах а—я, у—ю, о—ё слоговой принцип соблюдается честно: буквы я, ю, ё указывают на мягкость предшествующего парного согласного, а буквы а, у, о — на его твёрдость. Они же употребляются и тогда, когда не нужно указывать ни на твёрдость, ни на мягкость согласного, т. е. в начале слова и после гласных (сравните талый, алый, лиана).
А в паре э—е между буквами несколько неожиданные отношения. Как и буквы а, у, о, буква э употребляется в начале слова (этот, эра) и после гласных (поэт, силуэт). Однако после гласных в нескольких словах отвоевала себе позицию и буква е: проект, проекция, траектория. Подобно буквам а, у, о, буква э обозначает твёрдость предшествующего согласного, хотя употребляется она для этого крайне неохотно — в единичных словах, притом только иноязычного происхождения: мэр, мэтр, пэр, сэр, пленэр, рэкет. Итак, согласный звук перед буквой э мы обязаны произнести твёрдо. А перед е — мягко? В исконно русских словах — да! Сравните: белый, петь, ветка, делать, тень, зелень, в стене, серый, лень. А в заимствованных? Произнесите: асбест и беби, деспот и дельта, зебра и экзема, пионер и инерция, аспект и капелла, рента а регби, серия и сервис, патент и партер. В первом слове каждой пары перед е — мягкий согласный, во втором — твёрдый (по крайней мере так рекомендует произносить «Орфоэпический словарь русского языка»): [Деспот, но [дэ]лъта, пио[н']ер, но и[нэ]рция и т. д. Получается, что буква е в заимствованных словах не указывает ни на твёрдость, ни на мягкость согласного звука, ведь чтобы прочитать слово правильно, мы заранее должны знать, как оно произносится — с твёрдым или мягким согласным перед е. А если мы впервые встретили слово, например демпфер, скорее всего прочтём его с [дэ] — уж очень оно иностранное.
Можно ли букву э последовательно употреблять для обозначения твёрдости согласных? Писать асбест, но бэби; деспот, но дэльта; тема, но стэнд; зебра, но экзэма; пионер, но инэрция; патент, но партэр? Этому мешает множество слов иноязычного происхождения с неустойчивым, двояким произношением согласного — слов, в которых перед [э] произносится то твёрдый, то мягкий согласный: [тэ}лш и [т'э]мп, бас[сэ]йн и бас[с'э]йн.
У русской графики есть и другие «причуды» — исключения. Например, по правилу графики твёрдость предшествующего парного согласного обозначается буквой ы: сырой, сыграть, дыра, предыстория, козы, безыдейный. Но после приставки сверх- и после иноязычных приставок пишется не ы, а и. Здесь во владения графики вторгается орфография и отменяет правила графики: сверхизящно, дезинформация, гиперинфляция, контригра, постимпрессионизм. В этих случаях буква и не выполняет своей обычной функции — не обозначает мягкости предшествующего согласного.
О других нарушениях правил графики пойдёт речь в статье «Орфография» — ведь все исключения из правил графики касаются написания конкретных слов или их частей, а это уже область орфографии.